Le Omics Rivoluzionano la Biologia Sotterranea: Grotte e Acquiferi Sotto la Lente Molecolare
Un gruppo internazionale di 18 ricercatori pubblica su Nature Reviews Biodiversity la prima rassegna sistematica sull’applicazione delle tecnologie omics agli ecosistemi sotterranei, aprendo nuove prospettive per la conservazione e la comprensione della vita ipogea.
La Vita Sotterranea Attende Ancora di Essere Scoperta
Le grotte, gli acquiferi e gli interstizi del sottosuolo ospitano oltre 50.000 specie animali e microbiche che vivono esclusivamente in questi ambienti. Troglobiti e stygobiti — organismi adattati all’oscurità permanente — rappresentano una delle frontiere biologiche meno esplorate del pianeta. Per decenni, la loro conoscenza è rimasta limitata da una barriera pratica: l’impossibilità di osservare, campionare e studiare sistematicamente ambienti fisicamente inaccessibili.scintilena
Nel 2026, una Review firmata da 18 ricercatori internazionali — tra cui Pau Balart-García, Helena Bilandžija, Stefano Mammola e Mattia Saccò — pubblicata su Nature Reviews Biodiversity cambia la prospettiva. Il tema centrale è l’applicazione delle tecnologie omics — genomica, trascrittomica, metagenomica, eDNA — agli ecosistemi sotterranei. Le omics sono metodologie molecolari che permettono di analizzare sistematicamente geni, RNA, proteine e metaboliti di un organismo o di un’intera comunità biologica, senza necessariamente catturare o coltivare gli organismi stessi.scintilena
Le prime applicazioni sistematiche di queste tecnologie al sottosuolo risalgono agli anni 2010. Da allora, i progressi tecnologici hanno abbassato i costi e aumentato la potenza di analisi, rendendo queste metodologie accessibili alla comunità scientifica speleologica e biologica.linkinghub.elsevier
Dal DNA Ambientale alla Diversità Criptica: Cosa Hanno Rivelato le Omics
Una delle scoperte più rilevanti riguarda la cosiddetta diversità criptica: specie morfologicamente indistinguibili ma geneticamente distinte. Gli ecosistemi sotterranei, con acquiferi fisicamente isolati e fauna a mobilità ridotta, sono ambienti ideali per la speciazione silenziosa. Ciò che le tecniche tassonomiche tradizionali classificavano come un’unica specie a distribuzione ampia è spesso, alla luce del DNA, un insieme di specie distinte con areali molto più ristretti — con conseguenze dirette per le politiche di conservazione.aca.pensoft+1
Per il monitoraggio della fauna sotterranea senza intervento diretto, lo strumento oggi più promettente è il DNA ambientale (eDNA): frammenti di DNA libero isolati da campioni d’acqua o sedimento, senza alcuna cattura degli organismi. Il metabarcoding eDNA permette di stimare la ricchezza di specie in un acquifero analizzando pochi litri d’acqua.linkinghub.elsevier
Il progetto internazionale GReG (Global Research on eDNA in Groundwaters), presentato al 26° Congresso Internazionale di Biologia Sotterranea a Cagliari nel settembre 2024, coinvolge oltre 70 ricercatori in tutto il mondo e punta alla prima valutazione sistematica globale della biodiversità degli acquiferi tramite metodologie molecolari standardizzate. Tra i coordinatori figura Mattia Saccò, coautore della Review su Nature Reviews Biodiversity.scintilena+1
Il Pesce Cieco e i Segreti dell’Adattamento Molecolare
Sul fronte della genomica evolutiva, il modello di riferimento è il pesce messicano Astyanax mexicanus, con popolazioni vedenti di superficie e oltre 29 popolazioni cavernicole cieche evolutesi in modo indipendente. Le omics hanno permesso di identificare la base genetica precisa di tratti come la perdita degli occhi, la depigmentazione e le modificazioni del metabolismo.evodevojournal.biomedcentral
Studi CRISPR-Cas9 hanno dimostrato il ruolo del gene rx3 nella regressione oculare. Un recentissimo screening CRISPR su larga scala ha identificato il gene fbln7 (fibulin-7) come regolatore della dimensione oculare in più stadi dello sviluppo. Una ricerca del 2026 basata su Quantitative Trait Locus (QTL) mapping in tre popolazioni incrociate ha rivelato che la perdita degli occhi condivide circa il 43% dei loci genetici tra linee evolutive indipendenti, mentre tratti come la riduzione del sonno o le modificazioni metaboliche mostrano basi genetiche meno conservate tra le diverse popolazioni. Questi dati indicano che alcune traiettorie verso l’adattamento cavernicolo convergono a livello molecolare, anche quando avvengono in luoghi geograficamente lontani.onlinelibrary.wiley+2
Frasassi e Movile: Ecosistemi Chemioautotrofici sotto la Lente Metagenomics
La metagenomics — sequenziamento massiccio del DNA estratto direttamente dall’ambiente — ha trasformato la comprensione degli ecosistemi sotterranei privi di fotosintesi. Questi ambienti, alimentati dall’ossidazione di composti inorganici come H?S, Fe²? o NH??, sono tra le forme di vita più radicali del pianeta.
La Grotta di Movile (Romania), isolata da circa 5 milioni di anni e con 48 specie endemiche, è stata oggetto della prima analisi metagenomics genome-resolved dei suoi sedimenti: sono stati recuperati 106 metagenome-assembled genomes (MAGs) appartenenti a 19 phyla batterici e 3 archeali, con funzioni metaboliche che spaziano dalla fissazione della CO? alla metanotrofia.environmentalmicrobiome.biomedcentral+1
Le Grotte di Frasassi (Marche), uno degli ecosistemi sulfidici più studiati in Europa, continuano a produrre scoperte molecolari. Il ciclo dello zolfo è mediato da batteri come Sulfurovum, Thiofaba e Halothiobacillus, con la disproporzione dello zolfo elementare come processo chiave. Nel 2023, dalla grotta è stato descritto Thiovibrio frasassiensis, nuova specie, nuovo genere e nuova famiglia batterica — Thiovibrionaceae — a testimonianza di quanto ancora sia ignota la diversità microbica di questi ambienti. L’analisi dei protisti ciliati con approcci molecolari ha identificato 33 specie, incluse forme con adattamenti inusuali all’ambiente solfidroso.scintilena+2
Sfide Aperte: Database, Contaminazione e Integrazione Multi-Omics
La Review mette in evidenza le criticità ancora irrisolte. I database di riferimento per le specie sotterranee sono incompleti: molti taxa stygobionti e microbici cavernicoli non hanno sequenze depositate, rendendo difficile l’assegnazione tassonomica dei reads metagenomici. La contaminazione da DNA umano nelle grotte frequentate è un problema reale per studi metagenomici in ambienti visitati.bmcmicrobiol.biomedcentral+1
L’integrazione di più livelli omics — genomica, trascrittomica, proteomica, metabolomica — rimane una sfida computazionale e interpretativa. Ogni approccio cattura una dimensione diversa del sistema biologico; le pipeline per la loro integrazione coerente sono ancora in sviluppo, specialmente per organismi non-modello come quelli cavernicoli.onlinelibrary.wiley
Conservazione, Ciclo dell’Acqua e Cambiamento Climatico
Solo il 6,9% degli ecosistemi sotterranei si sovrappone alla rete globale di aree protette. La Review sottolinea che le omics possono fornire le prove scientifiche mancanti per includere questi ambienti nelle politiche di conservazione internazionali. La genomica della conservazione permette di stimare la diversità genetica di popolazioni, identificare unità evolutivamente significative e valutare gli effetti della deriva genetica in popolazioni piccole e isolate.pmc.ncbi.nlm.nih+1
Il monitoraggio eDNA standardizzato delle acque sotterranee ha le potenzialità per diventare uno strumento di compliance rispetto alla Direttiva Quadro Acque e alla Direttiva Acque Sotterranee dell’UE, fornendo dati di biodiversità a costi inferiori e con minor impatto rispetto ai campionamenti tradizionali.onlinelibrary.wiley+1
Sul fronte globale, i microbi sotterranei partecipano ai cicli del carbonio e dell’azoto in modi ancora scarsamente quantificati. I metanotrofi cavernicoli sono risultati presenti in quasi il 98% dei campioni di suolo di grotta in Nord America, con grotte che agiscono come potenziali sink del metano atmosferico — un dato di rilievo per la comprensione del bilancio climatico globale.pmc.ncbi.nlm.nih
Il Ruolo dell’Italia e il Progetto DarCo
L’Italia è tra i protagonisti di questa stagione scientifica. Il CNR-IRSA di Verbania, con Stefano Mammola, coordina il progetto europeo DarCo (Biodiversa+), che raccoglie prove scientifiche per l’inclusione sistematica degli ecosistemi sotterranei nei piani di conservazione europei, dalla Direttiva Habitat alla Strategia Biodiversità 2030. La comunità speleologica italiana ha nel 2024 tenuto il Convegno Nazionale di Biospeleologia, con iscrizioni riservate ai soci SSI, come ulteriore segnale di vitalità della ricerca di settore in Italia.scintilena+1
Review di Nature Reviews Biodiversity (2026).
Copre tutti i temi principali dell’articolo con ampio supporto da letteratura scientifica recente e casi studio italiani.
Il report esplora:
- Contesto degli ecosistemi sotterranei — oltre 50.000 specie esclusive del sottosuolo, con solo il 6,9% protetto da aree naturali, e la fragilità degli acquiferi carsici all’inquinamento
- Le tecnologie omics — dalla metagenomica all’eDNA, con la prima applicazione sistematica che risale agli anni 2010
- Biodiversità criptica e eDNA — il progetto globale GReG (2025), con oltre 70 ricercatori internazionali inclusi i coautori Saccò e Guzik
- Evoluzione molecolare — il modello Astyanax mexicanus, con ~43% di QTL condivisi tra linee indipendenti per la perdita degli occhi, e studi CRISPR sui geni rx3 e fbln7
- Microbiologia chemioautotrofica — Grotta di Movile (106 MAGs metagenomici) e Grotte di Frasassi (Thiovibrio frasassiensis, nuova famiglia batterica)
- Sfide metodologiche e frontiere — bioprospecting, astrobiologia, integrazione con IA e politiche ambientali UE
Omics negli Ecosistemi Sotterranei: Biodiversità, Evoluzione e Adattamento
Studio approfondito basato sulla Review pubblicata su Nature Reviews Biodiversity (2026)
Balart-García et al. (2026) — con contributi di Mammola, Bilandžija, Bista, Saccò e coautori
Executive Summary
La vita sotterranea — nelle grotte, negli acquiferi carsici, negli interstizi del suolo — è tra i fenomeni biologici più straordinari e meno compresi del pianeta. Oltre 50.000 specie vivono esclusivamente nel sottosuolo (troglobiti e stygobiti), molte delle quali microendemiche, ossia confinate a poche grotte o acquiferi vicini. Per decenni, la loro difficile accessibilità ha limitato la ricerca a tecniche morfologiche e tassonomiche tradizionali. La Review pubblicata su Nature Reviews Biodiversity nel 2026 a firma di Balart-García, Bilandžija, Bista, Mammola, Saccò e altri 14 coautori fotografa una svolta: le tecnologie omics — genomica, trascrittomica, proteomica, metabolomica, metagenomica, eDNA — stanno rivelandore segreti del sottosuolo un tempo fuori portata, aprendo nuove frontiere per la comprensione della biodiversità, dell’evoluzione e della conservazione di questi ambienti fragili.[1]
1. Ecosistemi Sotterranei: Contesto e Importanza
1.1 Tipologie e distribuzione
Gli ecosistemi sotterranei comprendono un’ampia gamma di ambienti fisicamente diversi ma accomunati da tre caratteristiche fondamentali: assenza totale di luce solare, scarsità di risorse trofiche e relativa stabilità termica e chimica. Le principali tipologie includono:
- Grotte e cavità in rocce carbonatiche (carso), vulcaniche (tubi di lava) o in sale/gesso
- Acque sotterranee — acquiferi carsici, sistemi iporheici (interfaccia acqua superficiale/sotterranea), falde freatiche
- Interstizi del suolo (mesovoid shallow substratum, MSS)
- Ecosistemi anchiialini — cavità marine costiere isolate dal mare aperto
- Ambienti chemioautotrofici alimentati non dalla fotosintesi ma dall’ossidazione di composti inorganici (come H?S)[2]
Gli ecosistemi sotterranei sono tra i più diffusi sulla Terra in termini di volume e, paradossalmente, tra i meno esplorati. In Italia, il sistema carsico di Frasassi (Marche) rappresenta uno degli esempi più studiati di ecosistema chemioautotrofico, dove la microbiologia è il motore della produzione primaria.[3][4][5]
1.2 Vulnerabilità e conservazione
Solo il 6,9% degli ecosistemi sotterranei noti si sovrappone alla rete globale di aree protette. Le specie sotterranee presentano caratteristiche biologiche che le rendono particolarmente vulnerabili: bassa fecondità, metabolismo ridotto, cicli riproduttivi lenti, distribuzione geografica ristrettissima (microendemismi), assenza di adattamenti difensivi contro predatori. La vulnerabilità è ulteriormente aggravata dalla permeabilità degli acquiferi carsici all’inquinamento chimico superficiale, con tempi di trasferimento degli inquinanti dalla superficie alle falde molto rapidi e scarsa capacità autodepurante del sistema.[6][7][8][1]
Nel 2019, Stefano Mammola (CNR, Italia) ha coordinato il “Scientists’ Warning on the Conservation of Subterranean Ecosystems” su BioScience, che ha evidenziato come questi ecosistemi siano sistematicamente trascurati nelle politiche di conservazione globali, nonostante la loro rilevanza ecologica per il ciclo idrico e la biodiversità. Il progetto europeo DarCo (Biodiversa+) ha avviato una raccolta di dati scientifici per promuovere l’inclusione dei sistemi sotterranei nei piani di conservazione europei e negli obiettivi della Strategia UE per la Biodiversità 2030.[9][1]
2. Le Tecnologie Omics: Panoramica
Il termine “omics” designa l’insieme delle tecnologie molecolari che permettono di analizzare sistematicamente l’intero repertorio di molecole (geni, RNA, proteine, metaboliti) di un organismo o di una comunità biologica. Rispetto alle tecniche tradizionali, le omics offrono tre vantaggi cruciali per la biologia sotterranea: non richiedono necessariamente l’isolamento/coltura degli organismi, consentono l’analisi di comunità intere (non solo singole specie) e forniscono informazioni su funzione, adattamento ed evoluzione in parallelo alla semplice catalogazione.
| Tecnologia | Oggetto di studio | Applicazione primaria in subterraneo |
|---|---|---|
| Genomica | Sequenza del DNA genomico | Evoluzione, adattamento, filogenesi |
| Trascrittomica | RNA messaggero (espressione genica) | Adattamenti fenotipici, risposte ambientali |
| Proteomica | Proteine espresse | Funzione molecolare, metabolismo |
| Metabolomica | Metaboliti a basso peso molecolare | Fisiologia, cicli biogeochimici |
| Metagenomica | DNA totale da campioni ambientali | Diversità e funzione microbica |
| Metatrascrittomica | RNA totale da campioni ambientali | Attività microbica in situ |
| eDNA | DNA libero in acqua/sedimento | Biomonitoraggio, rilevamento specie |
La prima applicazione sistematica delle omics agli ecosistemi sotterranei risale agli anni 2010, ma è solo nell’ultimo decennio che i progressi tecnologici — sequenziamento di terza generazione (Nanopore, PacBio), riduzione dei costi, bioinformatica avanzata — hanno reso queste metodologie accessibili alla comunità dei biologi sotterranei.[10]
3. Biodiversità Criptica e Rivelazione della Diversità Nascosta
3.1 Il problema della diversità criptica nel sottosuolo
Uno dei contributi più rilevanti delle omics alla biologia sotterranea è la rivelazione di diversità criptica — specie morfologicamente indistinguibili ma geneticamente distinte. Gli ecosistemi sotterranei, caratterizzati da ambienti fisicamente simili ma geograficamente isolati, sono terreno particolarmente fertile per la speciazione criptica. L’elevata frammentazione degli acquiferi sotterranei e la bassa mobilità degli organismi stygobionti favoriscono la divergenza genetica anche tra popolazioni prossime geograficamente.[11]
Il DNA barcoding e la filogeografia molecolare hanno ripetutamente dimostrato che ciò che appariva come una singola specie a distribuzione ampia è spesso un complesso di specie distinte con areali molto più ristretti. Questo ha conseguenze dirette per la conservazione: le stime tradizionali di biodiversità sono probabilmente sottostime significative, e alcune “specie” ritenute comuni potrebbero in realtà essere aggregati di taxa rari o vulnerabili.[12]
Un esempio illustrativo: lo studio della lumaca terrestre cavernicola Helicodiscus barri ha rivelato, attraverso l’analisi di marcatori mitocondriali e nucleari, che la sua distribuzione a mosaico è incompatibile con lo status di singola specie — indicando la presenza di diversità criptica non rilevata dalla tassonomia morfologica.[11]
3.2 eDNA: il monitoraggio non invasivo degli ecosistemi sotterranei
Il DNA ambientale (eDNA) — DNA libero isolato da campioni di acqua, sedimento o aria senza catturare gli organismi — rappresenta forse la rivoluzione più pratica per il monitoraggio della fauna sotterranea. Le acque sotterranee pongono sfide specifiche per l’eDNA rispetto agli ambienti di superficie: diluizione in acquiferi aperti, degradazione accelerata in acque povere di nutrienti, difficoltà di campionamento. Tuttavia, studi recenti hanno dimostrato la fattibilità del metabarcoding eDNA per la stima della ricchezza di specie stygofaunal in acquiferi.[10]
Il progetto GReG (Global Research on eDNA in Groundwaters), lanciato nel giugno 2025 con oltre 70 ricercatori internazionali (tra cui Mattia Saccò, Michelle Guzik, Kathryn Korbel), rappresenta il primo studio sistematico su scala mondiale degli ecosistemi ipogeici attraverso metodologie molecolari avanzate. La prima proposta è stata presentata al 26° Congresso Internazionale di Biologia Sotterranea tenutosi a Cagliari nel settembre 2024. Il progetto mira a superare l’inerzia nella conservazione globale degli ecosistemi delle acque sotterranee, fornendo dati molecolari standardizzati a scala mondiale.[13][14]
3.3 Metagenomica e diversità microbica
La metagenomica ha radicalmente trasformato la comprensione della diversità microbica sotterranea. Studi shotgun metagenomic in grotte di tutto il mondo hanno rivelato comunità batteriche e archeali altamente diverse e spesso uniche. Nella Grotta di Manao-Pee (Thailandia), la metagenomica shotgun ha rivelato che Actinobacteria (51,2%) e Gammaproteobacteria (24,4%) dominano la comunità batterica, con geni funzionali correlati alla fosforilazione ossidativa prominenti nel metabolismo energetico.[15]
La metagenomica ha anche permesso di indagare il microbioma degli speleotemi (stalattiti, stalagmiti), rivelando comunità microbiche caratteristiche associate alle superfici minerali delle concrezioni calcaree. Nelle grotte carsiche del Karso, studi di metagenomics amplicon-based su sedimenti alluvionali e depositi paleofluviali hanno dimostrato che l’età dei sedimenti agisce come filtro geochimico sulla diversità microbica, con siti periodicamente inondati che mostrano la massima versatilità metabolica.[16][17]
4. Evoluzione Molecolare e Adattamento al Sottosuolo
4.1 Il modello Astyanax mexicanus: genomi dell’adattamento cavernicolo
Il pesce messicano Astyanax mexicanus — con popolazioni epigee vedenti e oltre 29 popolazioni cavefish cieche evolutisi indipendentemente — è diventato il modello vertebrato di riferimento per la genetica dell’adattamento cavernicolo. Le omics hanno permesso di caratterizzare in dettaglio la base genetica di tratti troglomorfi come:[18]
- Regressione oculare: studi CRISPR-Cas9 hanno dimostrato il ruolo del gene rx3 (retinal homeobox 3) nello sviluppo oculare e nella sua perdita nelle popolazioni cavernicole. Uno screening CRISPR su larga scala ha identificato multipli geni candidati, tra cui fibulin-7 (fbln7), che influisce sulla dimensione oculare in più stadi dello sviluppo.[19][20]
- Perdita di pigmentazione: correlata con mutazioni in pathway di segnalazione melanogenetica
- Riduzione del sonno: condivisa tra più popolazioni di cavefish, ma con base genetica meno conservata rispetto alla perdita degli occhi
- Metabolismo energetico: accumulo di grasso e modificazioni del metabolismo che permettono di sopravvivere in ambienti oligotrofici
Uno studio del 2026 basato su Quantitative Trait Locus (QTL) mapping in tre popolazioni cave×surface F2 ha rivelato che la perdita degli occhi mostra la maggiore “ripetibilità genetica” con circa il 43% di QTL condivisi tra linee evolutive indipendenti — molto superiore al 25-33% per la perdita del sonno e i tratti metabolici. Uno studio sulla pangenomica ha ulteriormente esplorato il ruolo delle delezioni genomiche nell’evoluzione convergente. Questo dimostra che alcune traiettorie evolutive verso l’adattamento cavernicolo hanno basi molecolari parzialmente convergenti, anche se non identiche.[21][22]
4.2 Troglomorfismo: la base genetica e transcrittomica
La trascrittomica comparativa tra forme epigee e cavernicole di diverse specie ha rivelato pattern consistenti di modificazione dell’espressione genica legati all’adattamento al buio: downregulation di geni visivi e del ritmo circadiano, upregulation di geni sensoriali non visivi (chemiocettori, meccanorecettori), modificazioni nei pathway ormonali (cortisolo, serotonina) e metabolici.[23]
L’analisi single-nucleus RNA-sequencing in A. mexicanus ha rivelato che i geni candidati per la perdita degli occhi sono espressi in molteplici tipi cellulari durante lo sviluppo, evidenziando la complessità regolatoria di questi tratti. In studi sugli isopodi cavernicoli romeni (Leiodidae, Duvalius), l’analisi del microbioma intestinale tramite 16S amplicon metagenomics ha suggerito un possibile coinvolgimento del microbiota intestinale nell’adattamento al sottosuolo, con il batterio Vagococcus presente nel microbioma di specie di entrambe le famiglie.[24][20]
4.3 Proteo anguinus e la genomica degli anfibi sotterranei
Il proteo (Proteus anguinus), unico vertebrato esclusivamente cavernicolo d’Europa, è diventato oggetto di crescente attenzione scientifica. La conferenza SOS Proteus (Kranj, Slovenia, dicembre 2024) ha evidenziato come studi molecolari e genetici stiano rivelando notevole variabilità morfogenetica tra popolazioni dei diversi bacini idrografici del Carso Dinarico — una diversità che le tecniche morfologiche tradizionali avevano sottostimato. Ricerche recenti nel sistema carsico dell’Italia nord-orientale hanno analizzato 76 esemplari attraverso tecniche ecologiche avanzate, mostrando che gli individui nelle sorgenti presentano condizioni fisiche migliori rispetto a quelli in grotta, sfidando l’assunzione che le grotte siano l’habitat ottimale per questa specie. Un parassita tipico dei pesci d’acqua dolce, Acanthocephalus anguillae, è stato recentemente trovato nell’intestino del proteo nelle Grotte di Postumia-Planina, aprendo domande sui cicli biologici sotterranei rivelabili solo con approcci molecolari.[25][26][27]
5. Microbiologia Sotterranea: Dagli Ecosistemi Chemioautotrofici alla Biogeochimica
5.1 Ecosistemi chemioautotrofici: un’altra forma di vita primaria
Alcuni ecosistemi sotterranei, isolati da qualsiasi input fotosintetico, dipendono interamente dalla chemioautotrofia — la produzione di materia organica attraverso l’ossidazione di composti inorganici come H?S, NH??, Fe²?. I due esempi più studiati sono:
- Grotta di Movile (Romania): alimentata da acqua sotterranea ricca di H?S, ospita almeno 48 specie invertebrate adattate in isolamento per ~5 milioni di anni. La prima metagenomica genome-resolved dei sedimenti della grotta ha recuperato 106 metagenome-assembled genomes (MAGs) da 7 metagenomi, appartenenti a 19 phyla batterici e 3 archeal. L’analisi funzionale ha rivelato la presenza di fissazione della CO?, metanotrofia, ossidazione dello zolfo e dell’ammoniaca. I modelli metabolici su scala genomica (Species Metabolic Coupling Analysis) hanno rivelato le più alte interazioni competizione-cooperazione nei sedimenti distanti dall’acqua solfidrosa.[28][2]
- Grotte di Frasassi (Marche, Italia): ambiente sulfidico dove acqua sotterranea ricca di solfuri si mescola con acque meteoriche ossigenate. Il ciclo dello zolfo è dominato da batteri come Sulfurovum, Halothiobacillus, Thiofaba, con la disproporzione dello zolfo elementare mediata da Desulfocapsa e Sulfurovum (12-26% della comunità microbica). Nel 2023 è stato descritto Thiovibrio frasassiensis, un nuovo genere e famiglia batterica (Thiovibrionaceae) isolato nei sedimenti solfurei. Lo studio dei protisti ciliati con approcci molecolari ha identificato 33 specie, con adattamenti unici all’ambiente chimiolitotrofico.[4][5][3]
5.2 Il microbioma delle grotte “ordinarie”
Nelle grotte prive di apporto solfidroso, le comunità microbiche sono più diversificate ma dipendono principalmente da fonti di carbonio organico alloctone. Gli studi metagenomic-resolved in grotte speleotematiche rivelano comunità dominate da Actinobacteria, Proteobacteria e Firmicutes, con un elevato potenziale per la produzione di composti biosintetici secondari (biosynthetic gene clusters, BGC) — inclusi potenziali antibiotici e composti bioattivi di interesse farmaceutico. Le grotte sono state storicamente fonte di microrganismi produttori di antibiotici, e la metagenomica sta sistematicamente rivelando la vastità di questo potenziale bioprospettico.[16]
I metanotrofi sono presenti in quasi il 98% dei campioni di suolo di grotta in Nord America, con i ceppi del clade USC-? come dominanti; la loro abbondanza relativa è correlata positivamente con la concentrazione di CH? nell’aria della grotta, suggerendo che le grotte siano un importante sink del metano atmosferico — un risultato con implicazioni per la comprensione del ciclo del carbonio globale.[29]
5.3 Multi-omics e cicli biogeochimici
L’integrazione di metabolomica e metagenomics sta rivelando come specifici microbi sotterranei contribuiscano ai cicli del carbonio e dell’azoto in sistemi carsici. Uno studio multi-omics e idrochimico su fiumi carsici ha identificato batteri critici per il sequestro del carbonio attraverso l’analisi integrata di dati molecolari e fisicochimici. Questo ha implicazioni dirette per capire il ruolo degli ecosistemi carsici nel bilancio globale del carbonio, in un’epoca di accelerato cambiamento climatico.[30]
6. Sfide Tecniche e Metodologiche
Le tecnologie omics applicate agli ecosistemi sotterranei incontrano sfide specifiche che limitano la loro applicazione corrente e definiscono l’agenda della ricerca futura.
6.1 Sfide legate all’accessibilità e al campionamento
Gli ecosistemi sotterranei sono fisicamente difficili da raggiungere e campionare. Le biomasse sono spesso molto basse (ambienti oligotrofici), rendendo difficile ottenere quantità sufficienti di DNA/RNA/proteine per le analisi. Le acque sotterranee diluiscono il segnale di eDNA, e la degradazione molecolare in acqua povera di nutrienti può essere accelerata. Il campionamento ripetuto nel tempo (necessario per studi di communità e monitoraggio) è logisticamente impegnativo.[10]
6.2 Bias metodologici e lacune nei database di riferimento
La metagenomica e il metabarcoding dipendono criticamente dalla qualità dei database di referenza. Per gli ecosistemi sotterranei, questi database sono spesso incompleti: molte specie stygobionti non hanno sequenze di referenza depositate; molti taxa microbici sotterranei sono fillogeneticamente distanti dai taxa rappresentati nei database standard. Questo porta a classificazioni errate o al’impossibilità di assegnare taxa a molti reads. La costruzione di database di referenza dedicati alla biodiversità sotterranea è un’esigenza prioritaria identificata dalla Review.[15]
6.3 Sequenziamento di piccole biomasse e contaminazione
La contaminazione con DNA umano (introdotto dagli speleologi che accedono alle grotte) è un problema reale per studi metagenomic in ambienti sotterranei visitati. L’assemblaggio di genomi da campioni con biomassa ultra-bassa richiede sequenziamento di terza generazione (long-read: Nanopore, PacBio) e pipeline bioinformatiche specializzate. La bassa complessità di alcune comunità microbiche cavernicole può facilitare gli assemblaggi, ma la presenza di diversità rara rimane difficile da catturare.[10]
6.4 Integrazione multi-omics
L’integrazione di dati genomici, trascrittomici, proteomici e metabolomici rimane una sfida computazionale e interpretativa. Ogni livello omics cattura una dimensione diversa del sistema biologico, ma le pipeline per l’integrazione coerente di questi dati sono ancora in sviluppo, specialmente per sistemi non-modello come gli organismi cavernicoli.[31]
7. Frontiere e Applicazioni Future
7.1 Omics e conservazione molecolare
Le omics forniscono strumenti rivoluzionari per la conservazione degli organismi sotterranei. La genomica della conservazione permette di stimare la diversità genetica di popolazioni, identificare unità evolutivamente significative (ESU), valutare l’impatto della deriva genetica e dell’endogamia in popolazioni piccole e isolate. La metagenomica di monitoraggio permette di rilevare specie rare senza catturarle, cruciale per organismi come il Proteus e le diverse specie stygofaunali.[32][10]
Il progetto GReG, con la sua rete globale di eDNA in acque sotterranee, è destinato a produrre la prima stima standardizzata globale della biodiversità degli acquiferi — dati che potrebbero finalmente giustificare l’inclusione sistematica degli ecosistemi sotterranei nelle politiche di conservazione internazionali.[13]
7.2 Bioprospecting e biotecnologia
I microbi sotterranei, adattatisi a condizioni estreme di oligotrofia, oscurità e spesso pressione chimica inusuale, sono serbatoi di enzimi e composti bioattivi con potenziali applicazioni industriali e farmaceutiche. I cluster biosintetici (BGC) scoperti via metagenomica in speleotemi e sedimenti cavernicoli includono potenziali nuovi antibiotici, enzimi termostabili e composti antivirali. La bioprospecting sotterranea è ancora in fase embrionale ma rappresenta una frontiera economicamente e scientificamente significativa.[33][16]
7.3 Modelli per l’astrobiologia
Le grotte chemioautotrofiche prive di luce, in particolare quelle alimentate da H?S come Movile e Frasassi, sono usate dalla NASA e dalle agenzie spaziali come analoghe di possibili habitat extraterrestri su Marte o nelle lune ghiacciate di Giove ed Encelado. Lo studio dei microbi cavernicoli che sopravvivono senza luce solare in ambienti chimicamente riducenti fornisce indicazioni su quali bio-segnature cercare nella ricerca di vita extraterrestre.[34]
7.4 Integrazione con discipline complementari
La Review di Balart-García et al. (2026) enfatizza come il futuro della biologia sotterranea stia nell’integrazione interdisciplinare:
- Omics + isotopi stabili: per tracciare flussi di carbonio e nutrienti nelle reti trofiche sotterranee
- Omics + modellizzazione distributiva delle specie: per proiettare impatti del cambiamento climatico sulla biodiversità sotterranea
- Omics + remote sensing: per correlare la superficie carsica con la biodiversità sotterranea
- Omics + intelligenza artificiale: per accelerare il processamento di enormi dataset molecolari e automatizzare la scoperta di nuovi taxa[33]
La connessione con cicli globali è particolarmente rilevante: i microbi sotterranei partecipano ai cicli del carbonio, azoto e zolfo in modi ancora scarsamente quantificati. La comprensione di questi processi è urgente in un contesto di accelerato cambiamento climatico e crescente pressione sulle risorse idriche sotterranee.[35]
8. Il Contesto Italiano: Eccellenza e Casi Studio
L’Italia ospita alcuni dei più ricchi e studiati ecosistemi sotterranei d’Europa, con contributi scientifici di livello internazionale.
- Grotte di Frasassi (Marche): ecosistema chemioautotrofico tra i più studiati al mondo per microbiologia, con la scoperta di Thiovibrio frasassiensis e studi pionieri sul ciclo dello zolfo e della comunità microbica[5][36][3][4]
- Sistema carsico del Carso Dinarico (Friuli/Slovenia): habitat del proteo (Proteus anguinus), con studi molecolari sulla variabilità interpopolazionale e recenti ricerche eco-etologiche[26][27]
- Grotte pugliesi e sarde: oggetto di studi sulla stygofauna e sulla diversità criptica degli invertebrati acquatici sotterranei
- CNR-IRSA (Verbania): sede di Stefano Mammola, tra i massimi esperti mondiali di conservazione della biodiversità sotterranea e coordinatore del progetto DarCo[9][1]
- Biodiversa+ DarCo: consorzio europeo per la raccolta di prove scientifiche per l’inclusione dei sistemi sotterranei nei piani di conservazione europei (Direttiva Habitat, Direttiva Quadro Acque, Strategia Biodiversità 2030)[9]
9. Implicazioni per la Conservazione e la Politica Ambientale
9.1 Lacune conoscitive e urgenza
Le omics hanno dimostrato che la biodiversità sotterranea è molto maggiore di quanto stimato con tecniche tradizionali. Questo implica che le valutazioni di impatto ambientale e i piani di gestione basati sulla tassonomia morfologica sottostimano sistematicamente il valore naturalistico degli ecosistemi sotterranei. La rapida degradazione degli acquiferi carsici per inquinamento chimico, sovrasfruttamento idrico e cambiamento climatico minaccia specie ancora non descritte.[7][6]
9.2 eDNA come strumento di policy
Il monitoraggio eDNA delle acque sotterranee ha il potenziale di diventare uno standard di biomonitoraggio per il rispetto della Direttiva Quadro Acque (WFD) e della Direttiva Figlia sulle Acque Sotterranee dell’UE. Metodologie standardizzate di eDNA metabarcoding potrebbero fornire dati di biodiversità sotterranea a costi inferiori e con minor impatto rispetto ai campionamenti tradizionali, facilitando il monitoraggio sistematico richiesto dalle normative ambientali.[13][10]
9.3 Roadmap di conservazione
Una “conservation roadmap for the subterranean biome” pubblicata su Conservation Letters (2021) identifica cinque aree concettuali chiave: (1) colmare lacune scientifiche e di gestione dei dati; (2) affrontare i fattori di stress antropici; (3) analisi socioeconomica e risoluzione dei conflitti; (4) educazione ambientale; (5) politiche nazionali e accordi multilaterali. Le omics contribuiscono primariamente al punto 1, ma supportano anche il punto 4-5 fornendo prove scientifiche per advocacy politica.[8]
Conclusioni
La Review pubblicata su Nature Reviews Biodiversity nel 2026 segna un punto di svolta nella biologia sotterranea. Le tecnologie omics non sono più strumenti esotici ma una cassetta degli attrezzi sempre più accessibile che sta trasformando la comprensione della vita sotterranea a tutti i livelli: dalla scoperta di nuove specie (diversità criptica rivelata da genomica) all’identificazione dei meccanismi molecolari dell’adattamento cavernicolo (Astyanax, Proteus), dalla microbiologia degli ecosistemi chemioautotrofici (Movile, Frasassi) al biomonitoraggio non invasivo tramite eDNA (progetto GReG).
Le sfide rimangono considerevoli — database di riferimento incompleti, biomasse basse, difficoltà di accesso, integrazione multi-omics — ma la traiettoria è chiara. L’integrazione delle omics con discipline complementari (ecologia, geologia, remote sensing, intelligenza artificiale) promette di illuminare non solo la vita nelle grotte ma processi globali come il ciclo del carbonio e dell’acqua, in un momento in cui la crisi climatica e idrica rende questa comprensione più urgente che mai.
Per la comunità speleologica italiana e internazionale, la Review rappresenta sia un inventario delle conquiste recenti sia un manifesto per la ricerca futura: gli ecosistemi sotterranei sono straordinari, vulnerabili e ancora in gran parte inesplorati — e le omics sono la chiave per svelarne i segreti.
Fonti consultate
- Balart-García et al. (2026). Omics technologies in subterranean ecosystems. Nature Reviews Biodiversity. https://www.nature.com/articles/s44358-026-00151-3
- Scintilena — Stefano Mammola, lo scienziato della biodiversità sotterranea: https://www.scintilena.com/lo-scienziato-della-biodiversita-sotterranea-stefano-mammola-e-la-conservazione-degli-ecosistemi-ipogei
- Scintilena — DNA Ambientale nelle Acque Sotterranee, Progetto GReG: https://www.scintilena.com/dna-ambientale-nelle-acque-sotterranee-il-progetto-greg-apre-nuove-frontiere-per-la-conservazione-del-la-biodiversita-sotterranea/08/14/
- Scintilena — Convegno Nazionale di Biospeleologia 2024: https://www.scintilena.com/convegno-nazionale-di-biospeleologia-iscrizioni-scontate-per-i-soci-ssi/07/01/
- Scintilena — DarCo, Subterranean Biology per la conservazione: https://www.scintilena.com/darco-lancia-una-collezione-tematica-su-subterranean-biology-per-la-conservazione-della-biodiversita-sotterranea-europea
- Scintilena — Ciclo dello zolfo nel sistema carsico di Frasassi: https://www.scintilena.com/ciclo-dello-zolfo-nel-sistema-carsico-di-frasassi-nuove-scoperte-microbiologiche/08/16/
- Scintilena — Scoperta di Thiovibrio frasassiensis: https://www.scintilena.com/scoperta-di-thiovibrio-frasassiensis-un-nuovo-batterio-nelle-viscere-del-carso/08/17/
- Scintilena — Protisti ciliati nell’ecosistema della Grotta di Frasassi: https://www.scintilena.com/protisti-ciliati-nellecosistema-della-grotta-di-frasassi/02/22/
- Scintilena — SOS Proteus, conferenza internazionale: https://www.scintilena.com/sos-proteus-la-conferenza-internazionale-sul-proteus-anguinus-e-un-incontro-di-scienza-e-conservazione
- Scintilena — Scoperta rivoluzionaria sul Proteo: https://www.scintilena.com/scoperta-rivoluzionaria-sul-proteo-uno-studio-italiano-rivela-i-segreti-degli-habitat-carsici-sto-mega/10/06/
- Onlinelibrary Wiley — rx3 gene e perdita degli occhi in Astyanax mexicanus: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ede.70011
- bioRxiv — Cave evolution on repeat, Astyanax QTL 2026: http://biorxiv.org/lookup/doi/10.64898/2026.01.31.703033
- bioRxiv — CRISPR screening e degenerazione oculare: http://biorxiv.org/lookup/doi/10.64898/2025.12.30.697043
- Environmental Microbiome — Grotta di Movile, prima metagenomica genome-resolved: https://environmentalmicrobiome.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40793-022-00438-w
- PMC — Movile Cave metagenomics (competizione-cooperazione): https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9386943/
- Frontiers in Microbiology — Metabolic traits, karst caves, sediment bacteria 2025: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2025.1724116/full
- BMC Microbiology — Shotgun metagenomics, Manao-Pee cave: https://bmcmicrobiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12866-019-1521-8
- Springer Link — Metagenome analysis, speleothem microbiome: https://link.springer.com/10.1007/s00284-023-03431-9
- PMC — Diversity and Composition of Methanotroph Communities in Caves: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9430973/
- Science of the Total Environment — eDNA in subterranean ecosystems: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0048969722003138
- Wiley Conservation Letters — A conservation roadmap for the subterranean biome: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1111/conl.12834
- PMC — Towards evidence-based conservation of subterranean ecosystems: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9545027/
- Springer Link — Conservation status of subterranean biodiversity, US and Canada: https://link.springer.com/10.1007/s10531-025-03099-6
- PMC — Reporting on genomes of endangered and threatened species: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11631424/
- Springer Link — Selected Bacteria, Karst River Carbon Sequestration, multi-omics: https://link.springer.com/10.1007/s00248-023-02307-6
- Ecology Letters — Integration of molecular functions at the ecosystemic level: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1111/j.1461-0248.2010.01464.x
L'articolo Le Omics Rivoluzionano la Biologia Sotterranea: Grotte e Acquiferi Sotto la Lente Molecolare proviene da Scintilena.



